Ist die Thuja durch Wassermangel oder ungünstige Bodenverhältnisse gestresst, ist sie anfälliger für Pilzerkrankungen oder tierische Schädlinge. Zu den häufigsten Pilzerkrankungen an der Thuja zählt das Pestalotia-Zweigsterben (Pestalotia funerea). Dieser Schwächepilz wird leicht mit unbelebten Schadursachen verwechselt. Die Schuppen werden in der Regel bereits ab Februar/März gelb-braun und sterben ab. Später können auch ganze Pflanzenteile absterben. Auf diesen Zweigen erscheinen 0,2 bis 0,4 mm große schwarze Fruchtkörper, die sogar mit freiem Auge erkennbar sind.
Eine weitere häufige Pilzerkrankung an der Thuja ist die Schuppenbräune, die von dem Pilz Didymascella thujina hervorgerufen wird. Im Frühjahr zeigen sich zunächst einzelne vergilbte Blattschuppen, woraufhin die befallenen Triebe absterben. Ab Ende Mai sind 0,5 bis 2 mm große dunkelbraune Fruchtkörper sichtbar.
Beim Auftreten von Pestalotia-Zweigsterben oder Schuppenbräune sollten betroffene Triebe rechtzeitig bis ins gesunde Holz ausgeschnitten werden.